- 学会賞 [歴代表彰者]
- 学会賞は本会の会員にして、本会の発展に貢献あるいは水環境に係わる分野において特に優れた功績を認められた個人に贈呈する。
- 学術賞 [歴代表彰者]
- 学術賞は本会の会員にして、水環境に関する一連の論文、著作等、学術的研究成果が特に優れた個人に贈呈する。
- 論文賞 [歴代表彰者]
- 論文賞は本会会員にして、水環境分野における学術・技術的に優れた一連の研究に基づく論文を発表した個人に贈呈する。
- 論文奨励賞（廣瀬賞） [歴代表彰者]
- 論文奨励賞は本会の会員にして、水環境に関する研究が独創的であり、将来を期待される個人に贈呈する。論文奨励賞は、国際水質汚濁研究協会第2回総会会長故廣瀬孝六郎先生を記念して、論文奨励賞（廣瀬賞）と称する。
- 技術賞 [歴代表彰者]
- 技術賞は、本会の個人正会員または団体正会員及びこれに所属する個人で、水環境に関する調査研究または水環境技術に関して顕著な貢献をなしたと認められる者に贈呈する。
- 功労賞 [歴代表彰者]
- 功労賞は、本会の発展または運営に長年にわたり携わった本会会員のうち、顕著な功労があった者に贈呈する。
- 水環境文化賞 [歴代表彰者]
- 水環境文化賞は、水環境の保全・創造に関する社会・文化活動が顕著である団体または個人に贈呈する。
- みじん子賞（水環境文化賞児童・生徒の部） [歴代表彰者]
- 水環境文化賞児童･生徒の部（みじん子賞）は地域の水環境保全･創出に貢献した小・中・高校生のグループに贈呈する。ただし、年会開催地域の支部エリアから選考する。
- 会長特別賞 [歴代表彰者]
- 会長特別賞は、本会会員のうち特筆すべき事由により会長が推薦する者に贈呈する。
- 博士研究奨励賞（オルガノ賞） [歴代受賞者]
- 博士後期課程の大学院生などが行っている優れた研究成果を広く紹介し、若手研究者の研究を奨励する。
- 年会優秀発表賞（クリタ賞） [歴代受賞者]
- 研究意欲の増進を目指し、博士前期課程(修士課程)の大学院生が行う研究成果発表に対して表彰を行う。
- 学生ポスター発表賞（ライオン賞） [歴代受賞者]
- 研究意欲の増進を目指し、学部生、高専生、短大生が行う優秀なポスター発表に対して表彰を行う。
- 年間優秀論文賞（メタウォーター賞） [受賞論文]
- 研究奨励を目的とし、当該年の機関誌（水環境学会誌、JWET）に掲載された優れた論文に対して表彰を行う。
- 水環境国際招聘賞（JSWE-IDEA International Invitation Award、いであ賞) [外国人研究者招聘実績]
- 水環境分野の国際交流、国際協力の促進を目的とし、年会にて研究発表を行う海外在住の外国人会員に対し、来日費用などを助成する。
- 水環境国際活動賞（いであ活動賞) [歴代表彰者]
- 水環境分野の国際交流・国際協力の促進を目的とし、本学会の活動趣旨に沿った優秀な国際的な活動として選定されたものを顕彰し，その費用の一部または全部の助成を行う。
